In de periode 1977 - 2004 was Ds. J. van Amstel 9 maal afgevaardigde naar de 1 maal in de 3 jaar gehouden Generale Synode van de Christelijk Gereformeerde Kerk. Behalve de zittingsdagen waren er ook veel commissievergaderingen die altijd onder voorziterschap van Ds. J. van Amstel werden gehouden. Ook was Ds. J. van Amstel lid van het Moderamen van de Synode. Sedert 1979 is Ds. J. van Amstel lid van het plaatselijk contactorgaan van de Gereformeerde Gezindte en is Ds. J. van Amstel betrokken bij de jaarlijkse bezinningsavond en de herdenking van de Hervorming. Vanaf 2002 is Ds. J. van Amstel bestuurslid van de Herziene Statenvertaling en voorzitter van een der resonansgroepen. Drie jaar was Ds. J. van Amstel secretaris van het Deputaatschap voor het Kerklied. Mede door de inspanningen van Ds. J. van Amstel ontstond het rapport "Eenstemmig" en een liederenbundel. Vanaf 1982 is Ds. J. van Amstel bestuurslid van het Geestelijk Lied Gereformeerde Gezindte. Ds. J. van Amstel is ook lid van werkgroepen die 3 bundels kinderliederen hebben gemaakt; zelf verschenen van Ds. J. van Amstel's hand 40 voornamelijk kinderliederen. Voorts was Ds. J. van Amstel 6 jaar voorzitter van het Deputaatschap voor Schriftberijmingen en drie jaar voorzitter van het Deputaatschap voor de Eredienst. In die laatste functie was Ds. J. van Amstel voorziitter van de werkgroep Kerklied en voorzitter van de werkgroep Liturgische Formulieren. Ook in Renkum profiteert men van de kennis ter zake van Ds. J. van Amstel ; hij is daar vanaf 1997 adviseur van het Comité Samenzang. Ds. J. van Amstel was drie jaar lid van het Deputaatschap voor de Buitenlandse Zending en 4 jaar lid van de Zendingsbezinning binnen de Gereformeerde Gezindte. In die laatste functie schreef Ds. J. van Amstel vele artikelen. In Ds. J. van Amstel's Middelburgse en Enschedese tijd was Ds. J. van Amstel godsdienstlereaar op de kweekschool resp. op een mavo en een havo aldaar. Vanaf 1997 is Ds. J. van Amstel lid en president van het Curatorium van de Theologische Universiteit in Apeldoorn. Ds. J. van Amstel heeft veel op met jongeren en, in de sfeer van opleidingen, met studenten. In 1974 was Ds. J. van Amstel oprichter van de (nog steeds bestaande) Reformatorische Studiekring Enschede. Vier jaar riep Ds. J. van Amstel j studenten samen voor bezinning en beantwoordde hun vragen. Van 1979 tot 1982 was Ds. J. van Amstel mentor van studenten van de toengeheten Landbouw Hogeschool Wageningen. Vanaf 1997 is Ds. J. van Amstel betrokken als adviseur van het Landelijk Contact Jeugdverenigingen Dit is een overkoepelend landelijk orgaan voor, inmiddels 170 aangesloten jeugdverenigingen. Vanaf 2003 is Ds. J. van Amstel bestuurslid van Media Wijzer, een bezinningsgroep die in gesprek gaat met jongeren over waarden en normen en verantwoord mediagebruik. Publicaties Van 1977 tot 1991 was Ds. J. van Amstel redactielid van het Christelijk weekblad "De Schakel" en verzorgde daarin de jeugdrubriek; van 1978 tot 2003 was hij lid van de redactie, waarvan 10 jaar hoofdredacteur, van het eigen kerkblad "Om Sions Wil". Vanaf 1998 is ds redactielid van het landelijk kerkblad van de Chr. Geref. Kerken, "De Wekker". Ds. J. van Amstel heeft vele lezingen gehouden en 35 boeken over levensbeschouwelijke onderwerpen geschreven. Een veel gemaakte opmerking van hem was: "met mijn boeken heb ik meer mensen bereikt dan met mijn lezingen". Tot slot kan nog worden vermeld dat Ds. J. van Amstel deel uitmaakt van de groep Edese geestelijke verzorgers die in rampomstandigheden kunnen worden opgeroepen voor pastorale zorg op het rampterrein of in een opvangcentrum of in de sfeer van de nazorg.